Das Stiftische Gymnasium Düren ist eine öffentliche Schule mit Sonderstatus. Träger der Schule ist seit dem 19. Jahrhundert eine öffentlich-rechtliche Stiftung. Die Sachkosten, die die Stiftung nicht aus Eigenmitteln decken kann, werden je zur Hälfte von der Stadt Düren und dem Land Nordrhein-Westfalen (als Rechtsnachfolger des Königreichs bzw. Reichslands Preußen) refinanziert, die Besoldung des lehrenden Personals vollständig durch das Land Nordrhein-Westfalen (analog zur Ersatzschulfinanzierung).

Die Stiftung wird in ihrer Aufgabe als Dienstherr und Schulträger vertreten durch einen fünfköpfigen Gymnasialverwaltungsrat (GVR) unter dem Vorsitz der jeweiligen Bürgermeisterin/des jeweiligen Bürgermeisters der Stadt Düren.

Weiterhin gehören dem GVR an:

• der jeweilige Schulleiter/die jeweilige Schulleiterin (verantwortlich für die schulischen Angelegenheiten im engeren Sinne und die Personalangelegenheiten),
• ein Jurist/eine Juristin (verantwortlich für alle rechtlichen Angelegenheiten),
• ein Vertreter/eine Vertreterin des Rates der Stadt Düren (zugleich verantwortlich für Bauangelegenheiten) und
• ein weiteres Mitglied, das für finanzielle Angelegenheiten verantwortlich ist.

Die Lehrkräfte sind Beamte bzw. Angestellte der Stiftung (nicht des Landes NRW) und wählen daher zusätzlich zum Lehrerrat einen schuleigenen Lehrerpersonalrat. Die Personalangelegenheiten sowie auch weitere Verwaltungsangelegenheiten werden in Amtshilfe für die Stiftung überwiegend von verschiedenen Ämtern der Stadt Düren geregelt.

Für die Schülerinnen und Schüler und ihre Eltern ergibt sich durch den Sonderstatus im Schulalltag kein Unterschied im Vergleich zu einem öffentlichen Gymnasium in kommunaler Trägerschaft.